Het daaropvolgende seizoen werd gespeeld met het oog op de kampioenstitel en deze werd ook vlot behaald, met negen punten voorsprong. Na slechts twee seizoenen in 1^e Landelijke was de club toe aan een nieuwe promotie en kwam zo in 1993 uit in 2^e Nationale waar het de komende drie seizoenen zou vertoeven. Op het eind van seizoen ’93-’94 stond Don Bosco negende in de competitie en het volgende seizoen werd, mede door de komst van de nieuwe trainer Van Uytfange, de vijfde plaats vooropgesteld. Op het einde van dit seizoen prijkte Don Bosco op een welverdiende vierde stek, het seizoen was dus meer dan geslaagd.

Seizoen ’95-’96: Door de grote inzet en het goede zelfvertrouwen dat heerste bij de spelers en trainer van Don Bosco, slaagde de ploeg erin om te promoveren naar
’s lands hoogste afdeling. Door het aantreden van Don Bosco in 1^e Nationale werd bovendien een mijlpaal gezet, daar nog nooit eerder een ploeg uit het Gentse aantrad in de hoogste divisie.

Seizoen ’96-’97 werd voor Don Bosco een seizoen vol tegenslagen en ook de Poolse trainer slaagde er niet in zijn ploeg in de hoogste afdeling te houden: Don Bosco werd laatste en kon het volgende seizoen terug aantreden in tweede Nationale, alwaar het zou blijven spelen tot op heden.

Door het degraderen werd seizoen ’97-’98 een seizoen waarin velen de club verlieten en was het niet eenvoudig een waardige ploeg op te stellen: na de heenronde stond Don Bosco op de voorlaatste plaats. Om alsnog de ploeg te redden werd Dhr. Willemsens binnengehaald als nieuwe trainer en hij loodste Don Bosco toch nog naar een veilige tiende plaats.

Terug aangepast aan het ritme in 2^e Nationale, ging Don Bosco er weer tegenaan tijdens seizoen ’98-’99: enkele spelers keren terug van weggeweest en de ploeg wordt versterkt, ook trainer Willemsens blijft. Don Bosco wordt dit seizoen knap derde.

Seizoen ’99-’00: daar de competitie omgevormd werd, eerste nationale werd eredivisie en tweede nationale werd eerste telkens met tien ploegen, speelde Don Bosco nu in
1^e Nationale. Daarin speelde Don Bosco onder leiding van Luc Vercauteren een behoorlijk seizoen. Don Bosco werd vierde, na het spelen van de play-offs, dat tevens nieuw is dit seizoen.

Voor de aanvang van seizoen ’00-’01 zagen het bestuur van Don Bosco en trainer Beeckman zich genoodzaakt verder te werken met eigen jeugd, dit door het wegvallen van enkele spelers die elders hun handbalcarrière verder gingen uitbouwen. Op het nippertje werd naast een ticket voor de play-offs gegrepen maar Don Bosco werd uiteindelijk achtste en verzekerde zich zo van het behoud in tweede.

Seizoen ’01-’02: door het uitvallen van Amay was er dit jaar geen daler. Er kon dus gerust geëxperimenteerd worden met de groep jongeren die vanuit de kadettenreeks kwam. Het spreekt vanzelf dat men van dit jong geweld in eerste nationale geen wonderen mocht verwachten. Rekening houdend met het feit dat vijf matchen verloren werden met één doelpunt verschil kon men het seizoen geslaagd noemen; na alle wedstrijden afgewerkt te hebben stond Don Bosco op de achtste plaats.

Het daaropvolgende seizoen opteerde de ploeg terug voor een nieuwe trainer, Dhr. Weckx, en de spelerskern werd vergroot door het binnenhalen van enkele nieuwe spelers. Het seizoen werd begonnen met als doelstelling de jonge ploeg ervaring te laten opdoen en het behoud in tweede te verzekeren. Na een aarzelende start, kwam Don Bosco onder stoom en eindigde 7de op 12 ploegen.

Seizoen '03-'04: Na een hele slechte heenronde wordt nog met een paar matchen te spelen trainer Patric Weckx vervangen door Geert Debusschere. In de adembenemende play-downs weet de nieuwe trainer de ploeg toch nog in eerste te houden.

Seizoen '04-'05: De terugkomst van Xavier Rits moet een rustig jaar verzekeren en dat wordt het dan ook. Het einde van het seizoen wordt zelfs bekroond met een klinkende thuiszege tegen het onoverwinnelijk gewaande Atomix. De progressie bij de jongere garde is duidelijk te merken. De trainer begint zijn pappenheimers te kennen voor zover dit al niet het geval was vorig jaar. Op het eind van het seizoen stond Don Bosco 8e in de rangschikking.

Seizoen '05-'06: Een beresterk seizoen: Geert Debusschere heeft met de jongeren gezorgd voor een harmonisch geheel.Van de eerste tot de laatste competitiewedstrijd stond men in een promoverings-positie. In de laatste wedstrijd betekende het verlies een derde plaats in de eindrangschikking. Nu bestaat wel het gevaar dat de verwachtingen te hoog zullen ingeschat worden voor het volgend seizoen.

Seizoen '06-'07: De lijn van vorig seizoen werd doorgetrokken. Xavier Rits maakte een comeback en bleek de ideale leidsman om de jongeren opnieuw naar de top vijf te loodsen. Onder leiding van Geert Debusschere werd het seizoen afgesloten met een vierde plaats.

Seizoen '07-'08: Don Bosco Gent speelde het beste seizoen van de voorbije tien jaar. Vanbij de start staat de club bovenin en halfweg mag men ook de titel van herfstkampioen vieren. In de tweede competitiehelft moet Don Bosco Gent zijn naaste opponent Lommel laten voorgaan. De Limburgers spelen ook kampioen.
Don Bosco Gent eindigt tweede en krijgt nog een tweede kans om de promotie af te dwingen. Maar in deze play-offs krijgt Don Bosco Gent met net iets teveel blessurelast af te rekenen om de stap naar ereklasse te zetten.